真核轉錄組測序以高通量測序為基礎,可全面快速地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態下的所有轉錄本集合,用于研究基因結構和基因功能、可變剪接和新轉錄本預測等。根據有無參考基因組,真核轉錄組測序可以分為:真核無參轉錄組測序和真核有參轉錄組測序。

真核無參轉錄組測序是對真核生物特定組織或細胞在某個特定狀態下轉錄的所有RNA進行測序;真核有參轉錄組測序是對真核生物特定組織或細胞在某個特定狀態下轉錄的所有mRNA進行測序,與參考基因組比對,既可全面快速分析mRNA序列和豐度信息、又可對基因結構和產生的新轉錄本進行分析。

服務優勢

  • 測序質量高:采用先進的HiSeq 4000測序平臺,快速、高效地讀取高質量的測序數據
  • 覆蓋度高:數字化信號,直接測定幾乎所有轉錄本片段的序列
  • 鏈特異性文庫:采用dUTP鏈特異性文庫構建方案,確保轉錄本的方向性,獲取更準確的定量結果
  • 全轉錄組分析:無需預先設計特異性探針,因此無需了解物種基因或基因組信息,能夠直接對任何物種進行最全面的轉錄組分析
  • 關聯分析:聯合多個組學數據,開展跨組學關聯分析
  • 技術路線

    真核轉錄組測序

    服務詳情

    服務項目 樣本類型 測序模式 送樣要求
    真核轉錄組測序 細胞,組織,全血,血清,血漿,總RNA等 HiSeq 4000, PE150 建議總RNA起始量:2 μg,最低1 μg,濃度≥50 ng/μL

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    分析項目

  • 真核有參轉錄組測序
  • 1. 原始數據產出統計
    2. 與參考基因組比對及統計
    3. 基因和轉錄本表達豐度分析
    4. 轉錄組水平SNP和InDel分析
    5. GO功能分析
    6. Unigene的GO(Gene Ontology)注釋結果
    7. Unigene的KEGG代謝通路注釋
    8. 差異表達基因的GO功能富集性分析,KEGG代謝通路富集性分析
    9. 新轉錄本預測
    10. 可變剪切分析
    11. DEU(Different Exon Usage)分析(限生物學重復樣品)

  • 真核無參轉錄組測序
  • 1. 原始數據產出統計與基本質控處理
    2. 轉錄本拼接(根據測序數據獲得轉錄本序列)
    3. Unigene的transcript長度分布統計及GC含量統計
    4. 根據拼接結果序列進行預測編碼蛋白框(CDS)
    5. Unigene功能注釋(NR、Swissport、KOG、KEGG、Pfam)
    6. KEGG代謝通路分析
    7. 基因差異表達譜分析(聚類圖、散點圖、火山圖)
    8. Unigene的KOG注釋結果
    9. 轉錄組水平SNV/SNP分析
    10. Unigene的SSR分析(SSR數據信息、SSR分布統計)
    11. 根據RPKM計算標準對基因表達風度進行分析(表達量數據信息、表達情況統計)
    12. 樣本間的基因表達差異分析
    13. 差異表達基因的GO功能富集性分析,KEGG代謝途徑富集性分析

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